Funde bei der Säge Rubigen bezeugen den Aufenthalt von Menschen bereits in der Steinzeit. Später, während der Späteisenzeit, war die Gegend von Kelten bewohnt, und bis Mitte des 5. Jahrhunderts waren die Römer hier Herrscher über die Helvetier und bauten ihre Villen und Siedlungen. Mit dem Einfall der Alemannen kam das Bedürfnis nach mehr Kulturland. Es wurde viel Wald gerodet. Die Namen unserer Ortschaften erinnern uns an diese Zeit. Rubigen war während mehr als 300 Jahren ein Teil des Frankenreiches. Während dieser Zeit wurde auch die Kirche Kleinhöchstetten gebaut. Dokumente bezeugen um 982 Huncinga, 1250 Lucilinstetten und 1267 Rubigen. Als Teil der Herrschaft Münsingen wurde Rubigen 1377 an drei Bürger der Stadt Bern verkauft. Zur «Kirchhöre» Münsingen gehörend, erfreute sich die Wallfahrtskirche Kleinhöchstetten eines regen Besuches, bis Georg Brunner 1525 seine ersten reformierten Predigten hielt. Nach der Reformation wurde die Kirche geschlossen und erst seit den sechziger Jahren des letzten Jahrhunderts dient sie nach gründlicher Restauration wieder als Gotteshaus.

Die Kirche Münsingen, 1146 erwähnt, hatte einer grossen Gemeinde zu dienen, die aus folgenden Teilen bestand:

1. Münsingen-Viertel: Münsingen
2. Rubigen-Viertel: Rubigen, Allmendingen, Trimstein
3. Tägertschi-Viertel: Gysenstein, Ursellen, Konolfingen

Die Einwohnergemeinde Rubigen hat ihre Wurzeln in der napoleonischen Munizipialgemeinde, die nach dem Franzoseneinmarsch 1798 geschaffen wurde. Der Name Einwohnergemeinde des Rubigen-Viertels wird erstmals 1836 gebraucht. Die Einwohnergemeinde Rubigen bestand bis zum 31. Dezember 1992 aus den drei Viertelsgemeinden Allmendingen, Rubigen und Trimstein. Verschiedene Kompetenz-Abgrenzungsschwierigkeiten führten nach eingehenden Verhandlungen am 24. September 1989 zur ersten Volksbefragung in Gemeindeangelegenheiten an der Urne. Mit grossem Mehr wurde beschlossen, die bisherigen Viertelsgemeinden (Unterabteilungen der Einwohnergemeinde Rubigen) Allmendingen, Rubigen und Trimstein in selbständige Einwohnergemeinden umzuwandeln. Nach Zustimmung der kantonalen Instanzen, Regierungsrat und Grosser Rat, begannen am 1. Januar 1993 die drei bisherigen Viertelsgemeinden als neue selbständige Einwohnergemeinden zu funktionieren.